Zakonom o IPP FBiH utvrđeno je da su organi Infrastrukture prostornih podataka FBiH: Vijeće IPP FBiH i Radne skupine IPP FBiH.

Vijeće je najviše rukovodeće tijelo institucionalnog okvira IPP FBiH. Osnovne zadaće Vijeća IPP FBiH su:

• odlučivanje o ciljevima, strategijama, politici te bitnim aktivnostima unutar institucionalnog okvira IPP FBiH,
• usklađivanje aktivnosti IPP FBiH s državnom politikom i programima (u oba smjera, npr. e-Vlada),
• koordiniranje plana i korištenja proračunskih sredstava namijenjenih uspostavi i implementaciji IPP FBiH, te
• osiguranje snažne političke podrške sveukupnom razvojnom procesu IPP FBiH.

Vijeće IPP FBiH čini jedanaest članova od kojih je jedan predsjednik Vijeća IPP FBiH, a imenuje ih i razrješava Vlada Federacije Bosne i Hercegovine. Predsjednik i članovi Vijeća IPP FBiH imenuju se na razdoblje od pet godina. Za predsjednika Vijeća IPP FBiH imenuje se rukovoditelj Koordinacijskog tijela.

Vijeće IPP FBiH čini jedanaest članova od kojih je jedan predsjednik Vijeća a imenuje ih i razrješava Vlada Federacije Bosne i Hercegovine. Članovi Vijeća IPP FBiH imenuju se na rok od pet godina.

Trenutni saziv Vijeća IPP FBiH kojeg je imenovala Vlada FBiH čine:

1. Željko Obradović, predsjedavajući i predstavnik Federalne uprave za geodetske i imovinsko-pravne poslove,
2. Goran Lulić, predstavnik Federalnog ministarstva prostornog uređenja,
3. Mehmed Cero, predstavnik Federalnog ministarstva okoliša i turizma,
4. Renato Škrobo, predstavnik Federalnog ministarstva prometa i komunikacija,
5. Bešćo Alibegović, predstavnik Federalnog ministarstva poljoprivrede, vodoprivrede i šumarstva,
6. Asim Pandžić, predstavnik Federalnog ministarstva financija,
7. Damir Šapina, predstavnik Federalnog ministarstva pravde,
8. Mirsad Hajdarević, predstavnik Federalnog ministarstva unutrašnjih poslova,
9. Rifet Mezić, predstavnik Federalnog ministarstva obrazovanja i znanosti,
10. Marinko Bošnjak, predstavnik Federalnog ministarstva energije, rudarstva i industrije,
11. Belmira Hadžiabdić, predstavnica Federalnog zavoda za statistiku.